Cùng tồn tại với Phật giáo, nhưng Nho giáo thòi Lý – Trần đã có xu hướng phát triển ngượ lại với Phật giáo. Trong khi thế lực Phật giáo có chiều hướng suy giảm dần, thì thế lực của Nho giáo lại ngày càng tăng tiến, từ chỗ lúc đầu mới chỉ là một nền văn hóa giáo dục được nhà nước phong kiến chấp nhận trên nguyên tắc dùng làm học thuyết trị nước tới chỗ sau đó (thời cuối Trần) đã trở nên một ý thức hệ đang trên đà thống trị xã hội.

Nho giáo được du nhập vào Việt Nam từ đầu thời Bắc thuộc dưới một phương thức giao lưu văn hóa cưỡng chế, vì vậy, trong hơn 10 thế kỷ, nó vẫn chỉ là một lớp váng mỏng đọng lại trong tầng lớp ưu tú, ảnh hưởng xã hội rất nhỏ bé. Đến thời Lý – Trần, nó đã trở thành một nhu cầu tư tưởng thiết yếu cho việc xây dụng một thiết chế quân chủ tập quyền theo mô hình Đông Á Trung Hoa, cũng như những nguyên lý cơ bản của phép trị nước, trong đó một biện pháp chiến lược là chế độ khoa cử. Do vậy, các nhà vua sùng Phật thời Lý – Trần vẫn cần đến một sự bổ trợ của Nho giáo. Trần Thái Tông nói: “Bậc đại thánh và đại sư đời trước không khác gì nhau. Như thế đủ biết đạo giáo của Đức Phật phải nhờ đến tiên thánh [chỉ Khổng Mạnh] mà truyền lại cho đời…”.